太赫茲研究院實行理事會下的院長負責制
理事會
理事會是太赫茲研究院最高決策機構。設理事5人，其中包括理事長1人、副理事長4人。
專家委員會
由國內外知名專家組成，負責技術指導和太赫茲領域標準制定。
院長
太赫茲研究院設院長1名，執行院長1名，實行理事會領導下的院長負責制，負責研究院的運營管理工作。
三大研究中心
研究中心將作為太赫茲應用研究、實驗平臺，服務深圳市太赫茲科技創新產業。設有三大研究中心:太赫茲輻射與探測中心、太赫茲光譜與成像中心和太赫茲通信中心。
太赫茲輻射與探測中心
太赫茲輻射與探測中心致力于開發高性能太赫茲時域光譜儀，用于制定相關產業領域太赫茲應用的解決方案；攻克高性能太赫茲輻射源和探測器的核心技術，研究器件的材料、設計以及制備工藝；開發高功率、高可靠性、超寬帶的室溫太赫茲器件。目前擁有本領域的多名核心關鍵人才，具有相關理論研究、設計、工程工藝以及系統集成等相關方面的研究隊伍。
太赫茲光譜與成像中心
太赫茲光譜與成像中心致力于研發太赫茲人體安檢儀，此設備可以解決機場、海關、大型會展中心、政府要職部門、體育場館等重要場所的安檢工作難題，能探測到金屬物質，還可以探測到諸如陶瓷刀具、毒品粉末、液態炸藥、膠體炸彈等非金屬危險物質。從而實現對藏匿在人體的危險品進行快速、高效、非接觸式的安全檢查。
太赫茲通信中心
太赫茲通信中心是太赫茲研究院在太赫茲產業的長期部署方向。面向高頻高帶寬通信行業，面對室內高速通信網絡及遠距離高速通信需求的不同應用場景，中心致力于毫米波及太赫茲通信系統的研發，遠期目標包括開展毫米波太赫茲衛星通信載荷及星地鏈路研究及產品開發；軍用、警用及證券交易市場等大數據流無線通信系統開發；室內大容量無線組網、消費產品大容量無線通信產品開發等。
太赫茲檢測 & 應用中心
太赫茲檢測 & 應用中心專注于產品的功能性能檢測和產品應用的拓展開發，通過儀器共享和應用示范吸引潛在客戶，帶動研究院產品的市場推廣和太赫茲技術的應用發展。
平臺研發部
平臺研發部面向市場及客戶需求，承擔研究院新產品的生產試制職能，并致力于研究院通用硬件、軟件、結構、工藝等技術的應用研究，不斷提升產品的市場競爭力，為客戶提供高品質的產品。
綜合管理部
負責太赫茲研究院、國內外研發機構及太赫茲元器件公司的聯系和商務交流。太赫茲研究院的對外窗口，負責太赫茲相關技術交流及服務。
